陳和車林商妥的條件，於10月1日派秘書黃成垿把條件草案送到北京，這就是外蒙善後條件六十三條，其中重要的事項如下：
一、中央政府無論何時何事，不能更改外蒙原有之分盟分旗製度。各盟旗沙畢，盟長、將軍、紮薩克，高卓特巴等原有之管轄治理權，永遠照舊。中央政府並不得施行殖民事項，將蒙旗土地改歸他人所有。
二、設駐劄庫倫辦事大員一員，烏、科、唐、恰，可設參贊人員，幫辦參贊一員。
正副人員，必須一蒙一漢，並且輪流更換（如第一任漢正蒙副，則第二任蒙正漢副），而漢員必須以文職為限。即在北京之蒙藏院，其正副總裁之一，亦必須以外蒙王公任之。
三、中央在外蒙駐軍，其計劃布置及額數，由駐庫大員及幫辦大員會同商定。遇有緊急事項，增派軍隊，事定仍須撤迴。
四、內地人民建築房屋，經營商工等業，以及開墾，種菜，伐木，割草，必須先取得該管紮薩克之許可。
五、開發礦產，興辦鐵道，電報，郵政，必須由駐庫大員及幫辦大員會商辦理。如必須借用外款，並必須先得外蒙地方議會通過，始得辦理。
陳毅和外蒙古王公們的交涉有個最大的阻礙，就是陳毅所選的對象根本沒有力量，外蒙古自治政府的一切，完全操縱在喇嘛手中，而外蒙古人民的偶像是哲布尊丹巴活佛，也就是自治政府的領袖，活佛隻信賴喇嘛。現在陳毅和王公商量外蒙古撤消自治就是對抗喇嘛，王公們想借北京政府的力量來推翻喇嘛，喇嘛既然有勢力，當然不會輕易就範，所以成功的希望不會太大。
陳毅想透過王公去說服喇嘛，又透過喇嘛去說服活佛，可以說隻是一廂情願；而王公們又不斷供給陳毅錯誤情報。8月19日陳毅給北京外交部電報說：“至喇嘛方麵，王公既願，彼必無詞。且活佛亦久向中央，殊無可慮。”9月26日陳毅又有電報說：“喇嘛方麵，經王公竭力疏通，亦全體通過，冊封一事……複經迴稟活佛，亦奉允許。”可是這封電報發出後的第五天，10月1日，哲布尊丹巴活佛卻寫了一封致徐世昌總統的信，叫墨爾根堪布等五個喇嘛於10月9日帶到北京，信內略雲：“今突由中國駐庫辦事大員陳毅，提出取消自治……並提出所擬60餘條前來……於是本外蒙大眾，鹹以單獨破壞協約……徘徊猶豫，本哲布尊丹巴唿圖克圖汗，亦多憂慮，實深不安。”這封信很明顯地看出活佛是不同意六十三條的。
哲布尊丹巴接著又於10月24日給徐世昌第二封信：
“大總統鈞鑒：頃據庫倫陳都護使聲稱，給予請求取消我外蒙自治公文，並編造蒙古以後遵行條件六十餘條，與各賽持私室傳觀會議等情。本處當以如果大總統知悉此事，宜暫候如何平定謝米諾夫所招之亂黨，並招集本蒙古各王公紮薩克會議，解決內患等情，函至大總統去後，今蒙古各紮薩克大致尚未到齊，間有來者，不但不願取消自治，希望仍舊存在，即庫倫所有眾蒙古喇嘛民人所屬人等一聞知此舉，亦議論沸騰。據此以觀，非惟本外蒙各官民等，鹹稱仍舊保存舊製，難於迫其遵從。即取消自治之舉，亦非出自我蒙賽特等之本意，隻係陳都護使授意，借邊患未平宜取消自治等詞，迫令出此。
本唿圖克圖汗至再思維，我外蒙不惑謝黨諂言，一意恪守三方協約，保持自治。今複違反協約，請求取消自治，實多不合之處。而庫倫陳都護使對於此案，異心不息，反根據與各賽特私議事件，不體眾議，再三勒迫，近日益甚，由應在買賣城駐紮之防兵內，撥出支隊，分駐逼邇庫倫學經及喇嘛等地點，擅占外國商人房院。似此種種滋事情形，委實有拂眾議，鄙心殊抱不安。深信前此我大總統密諭親王朝克圖爾巴達爾胡之仁諭，為此列舉情形，密請鑒核。特派薩密迪巴克什諾門罕北勒崗禪唿圖克圖達木唐巴劄爾，前去與我大總統獻帛請安。懇將在我邊地內人地不宜之陳都護使立予調任，自治官府仍舊存留有效。若是，則黃教益形尊重，逐漸擴張，永昭仁慈。中華大國與外蒙古之睦誼，益覺敦重無極矣。謹呈。
哲布尊丹巴特派地位僅次於他的嘉亨尊活佛，親持這封信，送往北京，嘉亨尊於26日啟程，11月1日到京。
哲布尊丹巴既然表明了反對撤治的態度，於是陳毅和王公們隻好片麵進行了。王公們決定單獨具名遞送一件呈文，由陳毅於10月29日、30日電達北京。這時的王公們已勢成騎虎，在外蒙的自治政府看來，王公們這項向北京政府請求撤銷自治，無異是外蒙自治政府內部發生了政變。
北京方麵，這時的國務總理已是靳雲鵬，他在收到陳毅專人帶來的六十三條後，立即召集各部開會商討，並於10月20日電告陳毅說：“徐籌邊使日內赴庫，撫視所有軍隊，對蒙方麵並無直接任務，矇事仍由都護使完全負責，以明權限。”
在段係中，靳雲鵬和徐樹錚是不合的，因此靳內閣當然不願意見到徐樹錚在矇事上立功。陳毅以為外蒙撤治交涉，始終是自己一手經營，當然不願徐樹錚幹涉，所以陳當於收到靳閣20日來電後，立即複電詢問國務院：“前送條件，徐使曾否得閱？”
徐樹錚當然知道這個秘約，所以他於11月1日電告北京，對於六十三條件表示有“七不可”。同時要求待他召集一個會議研究後再作決定。靳雲鵬對徐電大為反感，提交國務院會議時，靳認為此案已經閣議通過，就唯有決定去做，不可出爾反爾，自損威信。
並且對徐要召集籌邊副使等開一個會議，認為籌邊會議隻可在邊防範圍內討論問題，而外蒙撤消自治案，已經政府交給陳都護專辦，就不必他人越俎代庖；至於後果如何，等辦理後再說，縱有不便，再行取消也沒有損失。靳且指示照他的這番意見電告陳毅。
原來，陳毅的秘書黃成垿攜帶六十三條密件到京時，徐樹錚尚在北京，黃到後六七天，陳毅有電給徐樹錚說：“黃成垿有秘密要務赴京，到時祈麵晤”。可是黃成垿由庫倫動身時，陳毅又曾囑咐黃避免見徐，不要讓徐知道此事，所以黃在北京盡量避免見徐。
有一天黃在國務院碰到徐，黃不知陳毅有電給徐，所以見到徐時支吾其辭，隻是說這趟是因私事請假赴奉天，陳都護囑就近到北京來催隊伍。
徐樹錚於10月23日由北京啟程赴庫倫，動身前一天，往謁徐世昌，大徐問及小徐有關外蒙古撤治事，小徐答稱沒有見到原案，大徐即令他向國務院秘書廳去調卷，卷調來後，原來是陳毅送來的秘件，上麵有外交部所加的簽注。徐因係奉總統命令，所以攜帶該件北行，10月29日抵達庫倫。陳毅並不知道他送去北京的全案已在徐樹錚手中，所以對徐尚支吾其詞。而徐則於11月1日電告北京反對這份條件，認為有七不可。
這件案中，陳毅不希望徐樹錚介入，是認為已成的功勞不願徐分享。國務總理靳雲鵬則因與小徐有夙怨，自不願見小徐立功，所以搞得非常複雜。
陳毅可能不懂利用王公和喇嘛之間的矛盾，達成政治上收迴外蒙主權的目的，他隻是很呆板地和車林商討辦法，所以《外蒙善後條例》簡直就是陳毅幫忙蒙古王公向中國“爭取”自治，而不是“撤消”蒙古自治。當時外交部對這個六十三條的批評是：“如就條件全文加以研究，則名義上政府雖收迴統治之權，仍屬有限製。外蒙雖有取消自治之呈請，而按之條件，自治之精神與基礎仍屬照舊存在。……至於對俄國各條……則俄國在外蒙一切利益，並未因之受有損失。”
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一、中央政府無論何時何事，不能更改外蒙原有之分盟分旗製度。各盟旗沙畢，盟長、將軍、紮薩克，高卓特巴等原有之管轄治理權，永遠照舊。中央政府並不得施行殖民事項，將蒙旗土地改歸他人所有。
二、設駐劄庫倫辦事大員一員，烏、科、唐、恰，可設參贊人員，幫辦參贊一員。
正副人員，必須一蒙一漢，並且輪流更換（如第一任漢正蒙副，則第二任蒙正漢副），而漢員必須以文職為限。即在北京之蒙藏院，其正副總裁之一，亦必須以外蒙王公任之。
三、中央在外蒙駐軍，其計劃布置及額數，由駐庫大員及幫辦大員會同商定。遇有緊急事項，增派軍隊，事定仍須撤迴。
四、內地人民建築房屋，經營商工等業，以及開墾，種菜，伐木，割草，必須先取得該管紮薩克之許可。
五、開發礦產，興辦鐵道，電報，郵政，必須由駐庫大員及幫辦大員會商辦理。如必須借用外款，並必須先得外蒙地方議會通過，始得辦理。
陳毅和外蒙古王公們的交涉有個最大的阻礙，就是陳毅所選的對象根本沒有力量，外蒙古自治政府的一切，完全操縱在喇嘛手中，而外蒙古人民的偶像是哲布尊丹巴活佛，也就是自治政府的領袖，活佛隻信賴喇嘛。現在陳毅和王公商量外蒙古撤消自治就是對抗喇嘛，王公們想借北京政府的力量來推翻喇嘛，喇嘛既然有勢力，當然不會輕易就範，所以成功的希望不會太大。
陳毅想透過王公去說服喇嘛，又透過喇嘛去說服活佛，可以說隻是一廂情願；而王公們又不斷供給陳毅錯誤情報。8月19日陳毅給北京外交部電報說：“至喇嘛方麵，王公既願，彼必無詞。且活佛亦久向中央，殊無可慮。”9月26日陳毅又有電報說：“喇嘛方麵，經王公竭力疏通，亦全體通過，冊封一事……複經迴稟活佛，亦奉允許。”可是這封電報發出後的第五天，10月1日，哲布尊丹巴活佛卻寫了一封致徐世昌總統的信，叫墨爾根堪布等五個喇嘛於10月9日帶到北京，信內略雲：“今突由中國駐庫辦事大員陳毅，提出取消自治……並提出所擬60餘條前來……於是本外蒙大眾，鹹以單獨破壞協約……徘徊猶豫，本哲布尊丹巴唿圖克圖汗，亦多憂慮，實深不安。”這封信很明顯地看出活佛是不同意六十三條的。
哲布尊丹巴接著又於10月24日給徐世昌第二封信：
“大總統鈞鑒：頃據庫倫陳都護使聲稱，給予請求取消我外蒙自治公文，並編造蒙古以後遵行條件六十餘條，與各賽持私室傳觀會議等情。本處當以如果大總統知悉此事，宜暫候如何平定謝米諾夫所招之亂黨，並招集本蒙古各王公紮薩克會議，解決內患等情，函至大總統去後，今蒙古各紮薩克大致尚未到齊，間有來者，不但不願取消自治，希望仍舊存在，即庫倫所有眾蒙古喇嘛民人所屬人等一聞知此舉，亦議論沸騰。據此以觀，非惟本外蒙各官民等，鹹稱仍舊保存舊製，難於迫其遵從。即取消自治之舉，亦非出自我蒙賽特等之本意，隻係陳都護使授意，借邊患未平宜取消自治等詞，迫令出此。
本唿圖克圖汗至再思維，我外蒙不惑謝黨諂言，一意恪守三方協約，保持自治。今複違反協約，請求取消自治，實多不合之處。而庫倫陳都護使對於此案，異心不息，反根據與各賽特私議事件，不體眾議，再三勒迫，近日益甚，由應在買賣城駐紮之防兵內，撥出支隊，分駐逼邇庫倫學經及喇嘛等地點，擅占外國商人房院。似此種種滋事情形，委實有拂眾議，鄙心殊抱不安。深信前此我大總統密諭親王朝克圖爾巴達爾胡之仁諭，為此列舉情形，密請鑒核。特派薩密迪巴克什諾門罕北勒崗禪唿圖克圖達木唐巴劄爾，前去與我大總統獻帛請安。懇將在我邊地內人地不宜之陳都護使立予調任，自治官府仍舊存留有效。若是，則黃教益形尊重，逐漸擴張，永昭仁慈。中華大國與外蒙古之睦誼，益覺敦重無極矣。謹呈。
哲布尊丹巴特派地位僅次於他的嘉亨尊活佛，親持這封信，送往北京，嘉亨尊於26日啟程，11月1日到京。
哲布尊丹巴既然表明了反對撤治的態度，於是陳毅和王公們隻好片麵進行了。王公們決定單獨具名遞送一件呈文，由陳毅於10月29日、30日電達北京。這時的王公們已勢成騎虎，在外蒙的自治政府看來，王公們這項向北京政府請求撤銷自治，無異是外蒙自治政府內部發生了政變。
北京方麵，這時的國務總理已是靳雲鵬，他在收到陳毅專人帶來的六十三條後，立即召集各部開會商討，並於10月20日電告陳毅說：“徐籌邊使日內赴庫，撫視所有軍隊，對蒙方麵並無直接任務，矇事仍由都護使完全負責，以明權限。”
在段係中，靳雲鵬和徐樹錚是不合的，因此靳內閣當然不願意見到徐樹錚在矇事上立功。陳毅以為外蒙撤治交涉，始終是自己一手經營，當然不願徐樹錚幹涉，所以陳當於收到靳閣20日來電後，立即複電詢問國務院：“前送條件，徐使曾否得閱？”
徐樹錚當然知道這個秘約，所以他於11月1日電告北京，對於六十三條件表示有“七不可”。同時要求待他召集一個會議研究後再作決定。靳雲鵬對徐電大為反感，提交國務院會議時，靳認為此案已經閣議通過，就唯有決定去做，不可出爾反爾，自損威信。
並且對徐要召集籌邊副使等開一個會議，認為籌邊會議隻可在邊防範圍內討論問題，而外蒙撤消自治案，已經政府交給陳都護專辦，就不必他人越俎代庖；至於後果如何，等辦理後再說，縱有不便，再行取消也沒有損失。靳且指示照他的這番意見電告陳毅。
原來，陳毅的秘書黃成垿攜帶六十三條密件到京時，徐樹錚尚在北京，黃到後六七天，陳毅有電給徐樹錚說：“黃成垿有秘密要務赴京，到時祈麵晤”。可是黃成垿由庫倫動身時，陳毅又曾囑咐黃避免見徐，不要讓徐知道此事，所以黃在北京盡量避免見徐。
有一天黃在國務院碰到徐，黃不知陳毅有電給徐，所以見到徐時支吾其辭，隻是說這趟是因私事請假赴奉天，陳都護囑就近到北京來催隊伍。
徐樹錚於10月23日由北京啟程赴庫倫，動身前一天，往謁徐世昌，大徐問及小徐有關外蒙古撤治事，小徐答稱沒有見到原案，大徐即令他向國務院秘書廳去調卷，卷調來後，原來是陳毅送來的秘件，上麵有外交部所加的簽注。徐因係奉總統命令，所以攜帶該件北行，10月29日抵達庫倫。陳毅並不知道他送去北京的全案已在徐樹錚手中，所以對徐尚支吾其詞。而徐則於11月1日電告北京反對這份條件，認為有七不可。
這件案中，陳毅不希望徐樹錚介入，是認為已成的功勞不願徐分享。國務總理靳雲鵬則因與小徐有夙怨，自不願見小徐立功，所以搞得非常複雜。
陳毅可能不懂利用王公和喇嘛之間的矛盾，達成政治上收迴外蒙主權的目的，他隻是很呆板地和車林商討辦法，所以《外蒙善後條例》簡直就是陳毅幫忙蒙古王公向中國“爭取”自治，而不是“撤消”蒙古自治。當時外交部對這個六十三條的批評是：“如就條件全文加以研究，則名義上政府雖收迴統治之權，仍屬有限製。外蒙雖有取消自治之呈請，而按之條件，自治之精神與基礎仍屬照舊存在。……至於對俄國各條……則俄國在外蒙一切利益，並未因之受有損失。”
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